蘑菇集中生產對環境的要求很苛刻。因為，從菌袋髙壓滅菌后出爐始，經預冷、強制冷卻至接種完成，而后將菌袋移放到發菌室止，應該是無菌的全封閉潔凈空間，窗明墻凈、生產用具一塵不染，并有良好的通風換氣設施。由于蘑菇種類的不同，對培養基質、工具、環境中的無菌程度要求也不同。因此，可以根據生產情況選用不同的方法，如滅菌、消毒、防腐。

　　滅菌是指在一定范圍內用物理或化學的方法，徹底殺滅物料、容器、用具和空氣中的一切微生物，包括微生物的營養體和休眠體，使物料成為無菌狀態。消毒是采用物理或化學的方法，殺滅或清除基質中、物體表面及環境中的部分微生物。紫外線消毒，其殺菌機理是當其作用于生物體時，可導致細胞內核酸和酶發生光化學反應，而使細胞死亡。另外，紫外線還可使空氣中的氧氣產生臭氧，臭氧具有殺菌作用。但對真菌效果差，只起輔助消毒作用，還需配合藥物使用。臭氧發生器，能高效、快速殺滅空氣中和物體表面各種微生物，接種成功率可達97％以上；同時具有性能穩定、操作簡單、耗電小的特點。不要在有人的情況下工作。對車間內的空氣進行消毒，保證食品安全。該消毒技術對車間消毒時，人可同時在車間內工作，對人體沒有任何危害，同時使受控環境保持在“無菌無塵”標準。在蘑菇的加工中使用臭氧。從而有效提高蘑菇的衛生安全質量、推動我國水產品出口業的發展。