中國疾病預防控制中心環境與健康相關產品安全所一位專家解釋，果蔬消毒機的原理一般是，機器中發出的臭氧是一種強氧化劑，而農藥是一種有機化合物，臭氧消毒水通過強氧化破壞有機農藥的化學鍵，使其失去藥性，同時殺滅表面的各種細菌和病毒，達到清洗目的。

　　臭氧的作用-分解農藥和激素：臭氧具有極強的氧化性，迅速氧化農藥和激素分子鏈，使農藥和激素變成穩定的無機化合物；殺菌、消毒：臭氧中單原子具有極強的滲透性，迅速氧化細菌和病毒的細胞壁，生成無機化合物，起到殺菌、消毒的目的；分離重金屬離子：臭氧中的氧原子能夠把溶于水的重金屬離子氧化成不溶于水的無毒高價化合物沉淀分離出來；保鮮、除臭：用臭氧水洗過的蔬菜，或用臭氧氣體吹過的蔬菜，可延長保鮮期2—3倍，臭氧氣體可以除去衛生間難聞的氣味，除去廚房內的魚腥味、米發霉的氣味。

　　臭氧的濃度越大，消毒效果越好。但是，從食品的角度，果蔬經過臭氧清洗，會不會破壞一些保健成分或維生素？目前尚沒有特別**的研究。

　　中山大學學報（自然科學版）曾刊登過一項實驗，以濃度為1.4毫克/升的臭氧水處理小白菜30分鐘，67%的脫氫維生素C被破壞，而總維生素C也損失近30%研究結果說明，用臭氧水處理小白菜等葉類蔬菜時，需要考慮臭氧對蔬菜中維生素C的破壞作用。